بیماری کم کاری تیروئیدی درمان نشده ممکن است منجر به ظهور عوارض و مشکلاتی در سلامت گردد از جمله:

گواتر:
تحریک مداوم غده تیروئید برای آزادسازی هورمونهای بیشتر ممکن است منجر به بزرگتر گشتن غده تیروئید شما (حالتی که تحت عنوان گواتر شناخته می شود) گردد . تیروئید هاشیموتو یکی از رایج ترین علل گواتر می باشد. یک گواتر بزرگ می تواند بر ظاهر شما اثر گداشته ونیز در بلع و تنفس شما اختلال ایجاد کند.
 
مشکلات قلبی:
کم کاری تیروئید همچنین ممکن است با افزایش خطر بیماری قلبی همراه باشد چرا که در افراد دارای اختلال تیروئید ممکن است سطوح بالا از لیپو پروتئین های با چگالی کم (کلسترول بد: LDL) ایجاد گردد . حتی کم کاری تیروئید تحت بالینی که نوع خفیف تر و خوش خیم تری از کم کاری تیروئید حقیقی می باشد می تواند منجر به افزایش سطوح کلی کلسترول و اختلال در پمپاژ طبیعی قلبتان گردد. کم کاری تیروئید همچنین می تواند منجر به بزرگ شدن قلب و نارسایی قلبی گردد.
 
پی آمد های کم کاری تیروئید بر سلامت روان:
ظهور افسردگی ممکن است زودتر در بیماری کم کاری تیروئید ایجاد گردد و ممکن است با گذشت زمان افسردگی شدید تر گردد. کم کاری تیروئید می تواند منجر به کند شدن عملکرد ذهنی گردد.
 
میکزدم:
میکزودم حالت نادرتر و شدیدتر از بیماری کم کاری تیروئید است که تهدیدی برای زندگی محسوب می گردد و می تواند در نتیجه بیماری کم کاری تیروئید تشخیص داده نشده و درمان نشده در دراز مدت باشد. علایم آن عبارتند از: عدم تحمل شدید سرما، خواب آلودگی که به دنبال آن رخوت شدید و بی هوشی ایجاد گردد . یک اغماء میکزدم ممکن است تحت اثر مصرف داروی مسکن ، عفونت و دیگر عوامل استرس زا در بدنتان تحریک گردد . اگر نشانه ها و علایم میکزدم را دارید نیازمند معالجه بالینی سریع و فوری هستید.
 
ناباروری:
کاهش سطح هورمونهای تیروئیدی ممکن است موجب ایجاد تداخل در تخمک گذاری گردد و موجب اختلال در باروری گردد . به علاوه برخی از نمونه های کم کاری تیروئید (نظیر اختلال اتو ایمیون) نیز باروری را مختل می نمایند. درمان کم کاری تیروئید با درمان جایگزینی هورمونی ممکن نیست که کاملا مشکل باروری را حل نماید و شاید نیاز به انجام مداخلات دیگری باشد.
 
نقایص مادرزادی:
کودکانی که از زنان با بیماری تیروئید درمان نشده متولد می شوند نسبت به فرزندانی که از مادران سالم متولد می شوند ممکن است ریسک بالاتری را برای ابتلاء به نقایص مادرزادی داشته باشند. این کودکان بیشتر مستعد ابتلا به مشکلات ذهنی و تکاملی هستند . همچنین کودکان مبتلا به کم کاری تیروئید درمان نشده از بدو تولد در خطر ابتلا به مشکلات جسمانی و ذهنی هستند ولی اگر بیماری در طی چند ماه نخست زندگی تشخیص داده شود شانس پیشرفت و تکامل طبیعی کودک بسیار بهتر می گردد.